不完全菌（ふかんぜんきん）とは、子のう菌・担子菌の仲間で、有性生殖を営むステージが未発見で分類学的な位置がよくわからないものを仮にまとめるということで成立した群である。菌類の無性生殖のみで増える体を不完全型、そのステージを不完全世代と呼んだが、この不完全型のみしか発見されていないことからこの名称で呼ばれた。有性生殖を行うステージを完全型、そのステージを完全世代と呼ぶが、通常これは同時に無性生殖も営む。身近に見ることのできるカビの大部分は不完全世代を目にしており、そこに不完全菌が含まれる率は高い。
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菌類は通常の栄養生活を営む体が視覚的特長に乏しい菌糸体であり、生化学的手段をとらない限り、生殖器によらなければ同定は困難である。また既知の子のう菌や担子菌の不完全型と酷似していても、完全型が未知の近縁別種であったり、有性生殖能力を喪失した近縁種である可能性は棄却できない。そのため、完全型が発見されている菌であっても、得られた不完全型の菌を便宜上、不完全菌として扱うことが多い。
たとえばパンの上に生えてくるカビは、アオカビやコウジカビであることが多い。これらのカビはすぐにたくさんの胞子を作る。これらの胞子は体細胞分裂で作られるもので、飛んでいって発芽すれば、同じような菌糸体を生じる。また、この胞子を培養すれば、シャーレ内の人工培地上で、何世代でも同じ菌糸体を培養することができる。このように、無性生殖によって生活を続ける菌は、有性生殖をなかなか見ることができないものが多い。アオカビやコウジカビには、菌糸の接合の後、小さな子実体を作るものがあるが、それらを見ることは珍しい。
菌類の分類は、有性生殖や、減数分裂によってできる構造（完全世代と呼ぶ）を中心に行われるので、このように無性生殖ばかりを繰り返す（不完全世代と呼ぶ）菌は、正しい分類ができない。このことから、このような菌類を不完全菌と呼ぶようになった。不完全菌がそのような有性生殖などが見つかれば、正しい分類位置を定めることができる。その場合には、正しい学名がつけられる。しかし、完全世代が見つかるまでは名前が付かないでは困るので、不完全菌に対しても学名は与えられる。その場合、正しい類縁関係が反映されることは必ずしも期待できないので、形態に基づくものと割り切らざるを得なくなる。もちろん、完全世代が見つかり次第、正しい学名がつくわけだが、それでも実際に菌を見れば、やっぱり無性生殖ばかりで暮らしている訳なので、不完全菌としての名前も使って良いことになっている。ちなみに不完全菌の属名は日本語では区別しないが、genusではなくform-genusである。形態にのみ基づく分類であるとの意味である。
また、無性生殖ばかりが見つかるカビであっても、接合菌門のカビやツボカビ門，あるいは卵菌類のものは、無性生殖器官の特徴（接合菌なら胞子のう）とか、菌糸体の特徴（たいていは多核体）によって、それと判断がつく場合が多く、その場合はそれぞれの位置に置かれるので、不完全菌に扱われることはない。ただし、接合菌には菌糸体の特徴からも胞子の特徴からも判別しがたい場合があり、若干ながら混乱した事例もある。
そういうわけで、現在では不完全菌と言えば、子のう菌か担子菌の系統の菌類で、無性生殖を繰り返して生育するものを指す。かつては、これを独立した分類群のように扱い、不完全菌亜門・糸状不完全菌綱などの名称があったが、近年ではそのような扱いはしない。どの不完全菌でも、完全世代が見つかれば、子のう菌か担子菌に入るのだから、わざわざ独立群をたてる意味はない、との立場である。しかし、実際には完全世代を持たない不完全菌が多数あることも想定されている。現在では、分子遺伝学的に類縁を調べる方向の研究も進められている。これならば、完全世代が見つからなくても所属が判断できる理屈である。